Haberler

Üniversitemizin Projesinde Çin Tanı Kitinin Ülkemizdeki Virüse Uygun Olmadığı Belirlendi

16.06.2020

Üniversitemizde gerçekleştirilen bilimsel bir proje sonucunda, Çin Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi ve Dünya Sağlık Örgütü tarafından paylaşılan Covid-19 virüsünün tanısında kullanılabilecek sekans dizisinin ülkemizde kullanılamayacağı belirlendi.

Tıp Fakültemiz Öğretim Üyesi ve Rektör Yardımcımız Prof. Dr. Sadrettin Pençe yürütücülüğünde SARS-CoV-2 genom mutasyonlarının izlenmesi, mutasyonlara karşı tanı testlerinin performansının gözden geçirilmesi ve aynı zamanda aşı geliştirilmesi gibi konulara katkı amacıyla geliştirilen proje kapsamında, ülkemizde Covid-19 hastalarından izole edilen üç adet SARS-CoV-2 virüsüne ait izolatın genomları son nesil yüksek veri çıkışlı dizileme platformları kullanılarak yüksek derinlikte sekanslandı.

Türkiye'de görülen Covid-19’un genomik varyasyonlarını, tiplerini, bugüne kadar sekanslanmış genomlar ile filogenetik ilişkilerini ve varyasyonların viral protein modellemelerini etkileyip etkilemediğini belirlemeyi amaçlayan proje kapsamında, virüs örneklerinin yaklaşık 30 bin nükleotidden oluşan tüm genom dizilemesi gerçekleştirildi.

Prof. Dr. Pençe, üç yeni genom verisini dünyanın en büyük genom veri depolama platformlarından biri olan NCBI veri bankasına eklediklerini ve ülkemizden izole edilen bu üç viral genomun dünyanın hangi bölgesine daha çok benzediği, hangi ülke kaynaklı olabileceğine dair bilgiler verdiğini aktardı. Ayrıca Wuhan kaynaklı referans virüs genomu ile yapılan karşılaştırmaların virüsün geçirdiği mutasyonlar ve bu mutasyonların virüsü nasıl etkilediği noktasında bizlere bilgiler verdiğini aktardı.

Elde edilen büyük veriler son nesil biyoenformatik araçlar kullanılarak birleştirildi ve her bir virüs örneğine ait genom sekans bilgileri oluşturuldu. Çalışmanın sonucunda virüsün mutasyon geçirdiğinin gözlemlendiğini ve bu mutasyonların olası protein fonksiyonlarına etki edip etmediğinin protein modelleme çalışmalarıyla tespit edildiğini anlatan Pençe, bu mutasyonlardan birinin Çin Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi tarafından paylaşılan SARS-CoV-2 virüsünün Nucleocapsid  (N) geni primer bağlanma bölgesinde olduğunu bildirdi.

Bu mutasyonun tanımlanması ile birlikte Prof. Dr. Pençe ve ekibi tarafından dünyada kullanılan tanı kitlerinde bu bölgenin kullanılıp kullanılmadığı ayrıntılı olarak araştırıldı. Araştırmalar neticesinde Çin Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi, (Chinese Center for Disease Control and Prevention-CDC) tarafından ve ayrıca Dünya Sağlık Örgütü (WHO) internet sayfasından da paylaşılan virüsün tanısında kullanılabilecek sekans dizisinin ülkemizde kullanılamayacağı ortaya çıktı. Bu dizilerin kullanıldığı birçok tanı kitinin olduğunu bildiren Prof. Dr. Pençe, bu önemli veri sonucunda ilgili primerleri (RNA parçacıklarını) kullanan tanı kitlerinin ülkemizde kullanılamayacağı, aksi halde pozitif hastadan negatif sonuç alınacağı bilgisini verdi.

Prof. Dr. Pençe çalışmanın sonucunu şu sözlerle yorumladı: “Tüm bunlar gösteriyor ki, ülkemizde SARS-CoV-2 virüsünün sıkı takiple izlenerek periyodik olarak dizilenmesi ve bu sekans verilerine göre yerli ve milli kitlerin geliştirilmesi çok önemlidir. Ülkemizdeki bilim insanlarına çok önemli görevler düşüyor ve inanıyorum ki hep birlikte edindiğimiz bilgi ve tecrübe ile kendine yeten bir ülke olarak bu salgından başarı ile çıkacağız.”